原則的には日本の機関は欧州委員会から自動的に助成を得ることはできませんが、下記の通り、プログラムによっては欧州の研究者の、日本での受入費用の一部が負担されるものや、助成が認められるケースがあります。

• ＭＳＣＡのフェローシップ（Postdoctoral Fellowships/Doctoral Networks）に参加する個人研究者は、欧州において研究を行うための資金を得ることが可能です。
• ＭＳＣＡのプログラム（Staff Exchange /Doctoral Networks）に組織として参加する機関は、欧州のパートナーから派遣される研究者の、日本における受入に必要な費用の一部についてパートナーとの取り決めにより資金を受けることができます。
• 欧州委員会による助成が認められるケース。
  募集要項に、日本の組織が資金を得ることが可能であると明記されている場合、および欧州委員会がプロジェクトを実施するうえで日本の組織が参加することにより以下の寄与があると認めた場合。
  ○卓越した能力・経験
  ○研究インフラの利用
  ○特定の地理的環境の提供
  ○データの提供

（尚、日系の欧州現地法人は欧州委員会の助成対象です。）